2000's 紓緩鰂魚涌乘客擠塞工程 

為紓緩鰂魚涌站轉綫通道的擠塞情況,地鐵於二零零一年九月將觀塘綫從鰂魚涌伸延至北角站,提供另一個轉車站供乘客使用。有關工程包括興建兩條共長四千二百米的新隧道,由鰂魚涌站經北角站向天后站伸展,並在北角站擴建兩個新的觀塘綫月台及轉車通道。

2000's 將軍澳綫 

地鐵公司隨於九五年中對將軍澳綫進行可行性研究,並於九六年將初步計劃提交政府。九八年三月,地鐵正式完成全長12.5公里的將軍澳綫的詳細設計。將軍澳綫由寶琳站起,經過坑口、將軍澳、調景嶺、油塘,再經過前官塘綫的東隧部份,到達鰂魚涌及北角。地鐵並將現有觀塘綫由藍田站起,改經油塘站,並以調景嶺站為終點站,並在將軍澳站以東興建一連接綫通往在將軍澳八十六區的車廠。

將軍澳綫於九九年初正式動工興建,耗資三百零五億元,油塘站並於二零零二年八月四日開放通車,寶琳至調景嶺站於八月十八日全綫通車。

2000's 西鐵交匯工程 

為配合西鐵於二零零三年通車,地鐵於一九九九年展開西鐵交匯工程,其中包括擴建美孚站,在東涌綫荔景及奧運站之間增建南昌站,及將荔景及奧運站一段機場鐵路由兩軌增至四軌。南昌站位於南昌村西面,位於西九龍公路下方,連接西鐵第一期的南面終點站。車站由九鐵負責興建,並與地鐵共同擁有及管理。有關設施已於二零零三年十二月十六日開放給市民使用。

2000's 迪士尼綫 

為配合在大嶼山竹篙灣的香港迪士尼樂園啟用,地鐵公司於二零零二年七月興建連接通往迪士尼樂園的迪士尼綫。

迪士尼綫全長約3.5公里,設欣澳﹝前稱:陰澳﹞及迪士尼兩個車站,欣澳站連接東涌綫,全程行車時間為3.5分鐘。在通車初期,列車起初以四卡為一組。

二零零五年六月一日欣澳站首先開放,而迪士尼綫則於二零零五年八月一日正式啟用。

2000's 博覽館站 

為配合機場島東面的亞洲國際博覽館啟用,地鐵公司將機場快綫機場服務月台旁興建博覽館站。博覽會站於二零零五年十二月二十日啟用,而機場快綫的列車服務則由機場站延長至博覽館站。