現代化計劃及公司化 

一九八二年十二月二十四,九廣鐵路公司依據九廣鐵路公司條例由一政府部門轉而成立為一公營機構,該公司由一九八三年六月一日開始營運。一個耗資達三十五億港元的現代化及電氣化計劃由一九七八年開始分期推行,工程包括:鋪設雙軌及架空電纜、建設或重建車站及橋樑,與及興建隧道。一九八二年五月六日,紅磡至何東樓車廠的一段鐵路正式電氣化。一九八三年五月二日,鐵路之電氣化直達大埔墟站,而最後一期至羅湖站則於一九八三年七月十五日完成。

於一九九八年,九鐵開始為旗下的電動列車進行翻新工程,工程包括翻新其空調系統,增加車門及企位等,有關工程於二零零零年完工。二零零一年,東鐵為加強列車班次,於是向日本訂購了八列列車,該批列車已於二零零二年中全部投入服務。

2003 連接新界西北及九龍 - 九廣西鐵 

行政會議在一九九八年九月中同意九鐵興建西鐵第一期後,西鐵工程隨即在九八年十月動工,並於二零零三年十二月二十日正式通車。

西鐵第一期工程耗資六百四十億港元,其中港府注資二百九十億元。西鐵第一期共設九個車站,全長30.5公里,有44%為架空路段﹔ 另有48%建於地底或密封結構內﹔餘下的8%則建於路面上。由屯門市中心到深水埗南昌車程為三十分鐘。

2004 重回尖沙咀及連接馬鞍山 

隨著政府在一九九四年發表的『鐵路發展策略』中,將馬鞍山鐵路定為三條優先發展鐵路之一,九鐵隨即進行可行性研究並將計劃提交政府。 九八年中,行政會議正式通過興建全長十一點四公里的馬鞍山鐵路,工程於二零零零年展開,並於二零零四年十二月二十一日投入服務。

馬鞍山鐵路由馬鞍山至大圍共有九個車站,以大圍站連接東鐵。馬鐵的車廠設於大圍。馬鐵列車起初以四卡為一組,最高車速為每小時一百公里,全程行車時間為十五分鐘,班次在啟用初最高為每小時廿四班。

同時,為舒緩馬鐵啟用後對九龍塘轉車站的人流,二零零一年四月,全長一公里的尖沙咀支線工程正式動工興建,並於二零零四年十月二十四日正式通車。支線設有一個車站,是將東鐵由紅磡站,經尖東海旁地底,延長至尖沙咀中間道遊樂場。新的車站(尖東站)設於梳士巴利道及永安廣場地底,月台設計為島式月台,並有隧道與地鐵尖沙咀站連接。

2007 第二個鐵路過境通道 

落馬洲支線全長七點四公里,設有一個車站。原屬西鐵第二期的鐵路,連接上水及落馬洲關卡,成為前往深圳的第二條鐵路過境通道。

落馬洲支線由上水站開始,以隧道穿越塱原濕地後在洲頭開始逐漸爬升至地面,再沿粉嶺公路以高架橋經通往落馬洲站。落馬洲站設有聯檢大樓作出入境管制用途,並以行人天橋連接深圳地鐵的皇崗車站。落馬洲支線於二零零七年八月十五日正式通車。

在落馬州支線建造期間,已在古洞一段的隧道預留位置供日後興建車站用。

直通車服務 

九廣鐵路直通車服務早於一九一一年十月十五日始投入服務,以九龍(尖沙嘴)及大沙頭為終站。至一九四九年十月十四日,直通客車因基於政治原因而中止,羅湖遂成為英段之終點站。經過三十年後,通往廣州之直通客車服務於一九七九年四月四日始再次恢復。

一九九八年前,行走中港之間的直通車只由中國鐵路局提供。一九九八年中,廣深鐵路電氣化後,九廣鐵路公司的Lok2000(ktt)電力機車及廣州鐵路(集團)公司的X2000﹝新時速﹞列車加入服務港穗直通車的行列。